早在2019年12月之前，新冠病毒可能已经在在人群“隐秘传播”（cryptic spread）阶段发生了一些关键突变。也就是说，这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早，甚至不一定最早出现在武汉。
上述推测结论来自两位病毒学专家：澳大利亚悉尼大学玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的爱德华·霍尔姆斯（Edward C. Holmes）教授，以及中国疾控中心（CDC）传染病预防控制所研究员、复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授张永振。当地时间3月26日，这两位“老搭档”联合在顶级学术期刊《细胞》（CELL）上发表了一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2”。
霍尔姆斯为这篇文章的通讯作者。官网简历显示，他擅长研究传染病的进化和出现，特别是RNA病毒跨越物种界限在人类和其他动物中出现的机制。他同时也是中国疾控中心的客座教授，以及复旦大学的名誉客座教授。值得一提的是，张永振和霍尔姆斯长期保持着学术合作，其合作团队在《自然》等学术期刊上发表多项成果。他们两人在多年前还到访过这场疫情的假设起源地之一——武汉华南海鲜市场。
在此次疫情尚不为外界警觉时，即2019年12月26日，张永振、霍尔姆斯等人获得了武汉中心医院一名患者的病毒样本。1月5日凌晨，研究团队从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒，通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列（GenBank：MN908947），并立即报告了相关部门。1月11日，研究团队在病毒学网站（virological.org）发布了所获得的新型冠状病毒全基因组序列，系全球最早公布该病毒序列的团队。