台陆委会主委邱垂正在4日的发言中强调，两岸关系的本质就是两岸关系，这一表态被视为与陆委会副主委梁文杰以往提及的“两岸关系等同于‘两国’关系”立场有所区别。对此，台湾地区前领导人马英九在5日通过脸书发表看法，认为这是赖清德政府上台以来，首次有大陆事务部门的最高负责人明确地将两岸关系界定在非“两国”框架内，视其为积极的开端，同时敦促民进党应避免在两岸问题上持续采取危险举动。
马英九进一步指出，尽管邱垂正的表态是个好的开端，但关键还需赖清德亲自出面澄清，公开声明两岸关系并非“两国”关系，并确保所有政府部门在此问题上保持一致口径，以稳定两岸互动。国民党籍立法委员林沛祥分析，近期的澎湖渔船事件凸显了强硬对抗不利于两岸和谐，邱垂正的言论实际上是对梁文杰先前观点的一种反驳，显示作为主官的他正视两岸关系的复杂现状并寻求务实解决路径。同为国民党籍的立法委员陈玉珍则表示，希望邱垂正的发言已经过相关安全机构的认可，同时期待赖清德能够逐步调整其对两岸关系的认知。另一名国民党立委罗智强回顾，在马英九执政时期，对于两岸航线的性质界定上，也明确提出了“两岸航线”的概念，强调两岸间特有的互动模式。
总体而言，此次邱垂正的表态引发了政界对于两岸关系定位的新一轮讨论，各方呼吁当局应采取更加明确和稳健的两岸政策，以促进双方的和平交流与发展。