当地时间1月27日，韩国国土交通部航空铁道事故调查委员会公布了济州航空2216号班机空难的初步调查报告，详细描述了事故经过。黑匣子停止记录时客机航迹图显示，飞机上的两个“黑匣子”于12月29日8时58分50秒开始均停止记录，4分07秒后，飞机以机腹着陆的方式高速冲出跑道，并与安装导航系统天线的混凝土基座发生冲撞，导致剧烈爆炸并燃烧。
事故发生时，该客机正以约298千米/小时的速度飞行，距离地面高度约为151米，由南向北接近务安机场跑道01号方向准备降落。此时，飞机两侧发动机均吸入了韩国冬季常见的候鸟“花脸鸭”，事后在两台发动机内发现了该种群候鸟的羽毛及血液痕迹。
黑匣子停止记录后6秒，飞行员发出了“MAYDAY”求救信号，随后提升高度进行复飞。飞机在原定降落方向左侧上空飞行一段时间后，右转从同一条跑道另一侧即19号方向进入跑道，并在起落架没有放下的情况下以机腹着陆。
关于飞机降落时起落架为何没有放下，初步调查报告并未给出解释。此外，飞机与鸟群撞击的具体时间、数量以及是否有其他鸟类参与等问题，还有待进一步调查。这些问题将在最终的事故调查报告中予以说明。