此次事件发生后，南京市宗教事务管理部门对玄奘寺进行了调查处理。玄奘寺对被供奉者身份没有进行核查，发现供奉侵华日军战犯牌位后，虽已撤下但一直隐瞒不报。根据《宗教事务条例》相关规定，南京市玄武区民宗局已责令玄奘寺进行整顿，并已撤换传真玄奘寺主要负责人职务；市佛教协会同时免除传真副会长职务。对反映的玄奘寺及相关人员其他问题线索，有关部门将依法依规进一步调查处理。
此次玄奘寺供奉侵华日军战犯牌位事件，暴露出我市在宗教活动场所管理等方面存在的问题，市及玄武区宗教事务管理部门作风不严不实，对有关宗教活动场所失管失察。南京市委、玄武区委及纪检监察机关已依纪依规依法对相关责任人作出严肃处理：对市民宗局党组书记、局长苏宇红予以诫勉，对市民宗局党组成员、副局长纪勤予以免职、给予党内严重警告处分，对市民宗局党组成员、副局长王键给予党内警告处分，对市民宗局宗教一处处长张文波给予党内警告处分，对市民宗局政策法规处（行政审批服务处）处长后乃娟给予党内警告处分，对玄武区民宗局局长胡圆圆予以免职、给予党内严重警告处分，对玄武区民宗局副局长周勇给予党内严重警告处分，对玄武区民宗局民宗科科长杨菁给予政务警告处分，对玄武区玄武门街道统战委员桂旭光给予党内警告处分。
在宗教活动场所发生供奉侵华日军战犯牌位事件，严重冲击社会道德底线，严重伤害民族感情，令人震惊和愤慨。广大网民和市民及时发现指出问题，充分体现了强烈的爱国情感，体现了对南京的关心关爱。我们将深刻警醒反思，深刻汲取教训，举一反三、全面整改，坚决防止类似问题发生。南京见证了中华民族从沉沦中奋起的苦难与辉煌，对挑衅历史定论、挑战民族大义的行为，我们坚决依法严惩，以实际行动守护历史记忆，捍卫民族尊严，维护和平正义。