在中菲双方北京会晤后第三天，菲律宾针对非法滞留事件做出最终决策。9月14日晚，菲律宾海岸警卫队将停留在南沙群岛仙宾礁潟湖内的9701号巡逻船撤走。据“美国海军学院”网站报导，面对资源耗尽的困境，马尼拉政府终止了在南海区域的活动。9701船于9月14日晚起航，次日完全离开仙宾礁水域，径直穿过巴拉巴克海峡，似乎急于返回巴拉望岛公主港进行整顿。
自4月以来，9701船未经许可进入我国南沙群岛仙宾礁潟湖，试图模仿“非法坐滩”的“马德雷山”号，长期非法滞留以实现其目的。然而，在长达5个月的时间里，该船始终受到我国海警执法船的合法监控，活动范围逐渐受限，尤其是在我国海警船和拖船的紧密包围下，船内气氛紧张。
期间，尽管菲律宾尝试了三次夜间补给行动，均被我国海警有效阻止，导致船上基本生活物资供应出现问题。8月底，菲律宾海警发言人公开承认9701船面临严重的物资短缺，实行食物配给制，生存条件恶化。为此，菲方采取空中运补短暂解决了“粮食危机”，但由于使用的是载货能力有限的轻型直升机，补给品仅够维持基本需求。
8月31日，9701船试图趁夜色强行冲滩未果，反而以危险方式撞击我国正常执法的5205舰，造成损伤。菲律宾试图颠倒黑白指责中方，但并未得到广泛响应，仅美国国务院表态偏袒。实际上，中国对南沙群岛及其附近海域拥有无可争议的主权，中方海警的执法行为完全合法。